尤其是商品住房投资的内部结构仍不尽合理，与国家宏观调控的目标相背离。据国家统计局提供的数据显示，1998年，我国经济适用房投资占商品住宅总投资比重为13%；2003年所占比重下降到9.2%；今年一季度，这一比重仅为3.6%。与之相反，别墅、高档公寓投资比重不断增加，1998年，我国别墅、高档公寓投资占商品住宅总投资比重为8.7%；到了今年一季度，这一比重已经达到了11%。

经济适用房的竣工面积所占比重随着商品住房供应量的增加却在降低。1998-2006年，商品住房中经济适用房竣工面积的所占比重总体下降非常明显，2006年比1998年减少9.5个百分点，如果与最高值2000年相比，则减少19个百分点。而同期别墅、高档公寓竣工面积所占比重则相反，是逐年增加的趋势。这说明商品住房宏观调控的难度很大，表现为商品住房竣工面积总量越大，满足中低收入家庭的住房相对越少，房价上涨的压力越大。

别墅、高档公寓空置面积比重逐年增加。从数据来看，经济适用房由于大户型和交通不便以及配套设施不全等原因也存在空置面积，投资、竣工面积多的年份空置面积也多。近几年来由于国家和各级政府采取了不少消化措施，所占比重是减少的趋势。经济适用住房空置面积占住宅总体空置面积的比重已经从1998年的6.8%下降到今年一季度的4.2%。但是，由于投资比重的不断增加，别墅、高档公寓的空置面积比重却在逐年增加。1998年，别墅、高档公寓空置面积占住宅总空置面积的比重为6.7%，到2006年上升到10.1%。到今年一季度，这一数字更是进一步上升到11.8%。

2006年末，对全国5000家重点房地产开发企业的空置面积调查显示，普通住房、经济适用住房、高档公寓和其他商品住宅空置面积分别为1012万平方米、128万平方米、261万平方米和841万平方米，占重点房地产企业商品住宅空置面积的比重分别为45.1%、5.7%、11.6%和37.6%。

分户型观察，户型面积超过100平方米的商品住宅空置面积所占比重最大，达到了71%。其中，户型面积在100-120平方米的商品住宅空置面积所占比重为23%；户型面积在120平方米以上的商品住宅空置面积所占比重为48%。

对于住房供应结构不合理的主要原因，有关专家认为，除了1998年房改使得我国住房供应调控政策的重点发生转变以外，受自身利益驱动，不少地方政府执行住房供应保障政策不力，部分开发商热衷于大户型、高档房的建设，从而影响了商品住房的供应结构，也是主要原因。